Ryugamine Mikado là một thiếu niên mong mỏi cuộc sống thú vị chốn thành thị. Nhận lời mời của người bạn thời thơ ấu Masaomi, cậu chuyển trường đến Ikebukuro. Masaomi cảnh báo cậu về nhửng người mà cậu không nên chạm mặt ở thành phố: một kẻ hung hãn ăn mặc như phục vụ quầy, 1 tên cò mồi tin tức, một băng nhóm bí ẩn tự xưng là Dollar.
Sau một thời gian dài ẩn trốn, Mina Tepes, công chúa của Vampire đã đứng lên xây dựng một quốc gia riêng dành cho loài Vampire ở một hòn đảo của Nhật và tuyên bố trước công chúng về sự tồn tại của Vampire. Cô mang hình hài của một đứa bé 13 14 tuổi (true form thì big boob) và có một cận vệ là Akira, người sói.
Cha mẹ của Inaba Yuushi đã chết trong năm đầu tiên khi cậu học trung học, và cậu chuyển đến nhà họ hàng. Mặc dù họ quan tâm đến cậu, nhưng cậu luôn nghĩ mình là gánh nặng.
Một học viện trên hòn đảo mà không có con thuyền nào thèm qua lại. Ở đó, học sinh được đào tạo không ngừng nghỉ để chiến đấu chống lại kẻ thù cho nhân loại. Nhân vật chính, một học sinh mới được chuyển đến đó, cũng lên đường với ý định diệt trừ mọi kẻ thù cho nhân loại.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.